쌍계사 극락보전에 봉안된 목조여래좌상의 총 높이는 122㎝, 불상 높이 92㎝이며 좁은 어깨에 머리를 약간 앞으로 숙이고 있어 전형적인 조선후기 불상의 자세를 보이고 있다. 머리는 소라모양의 곱슬머리인 나발(螺髮)로 표현되었으며, 정수리에는 지혜를 상징하는 혹인 육계(肉髻)가 높이 솟아 있으며 이마 위에 타원형 구슬인 중앙계주(髻珠)와 정수리에 원통형의 정상계주가 금색으로 표현되었다. 불상은 타원형으로 얼굴이 평면적으로 처리되었으며, 이마가 넓고 귀가 어깨까지 내려올 정도로 길게 늘어져 있다. 입은 굳게 다물고 있으며, 눈두덩과 양미간이 각진 조선후기 제작된 불상의 전형적인 얼굴을 하고 있다. 옷자락은 양 어깨를 덮고 있는 통견(通肩)방식이다.

따로 제작한 손은 엄지와 중지를 맞댄 아미타 수인(手印)으로 조선후기 제작된 아미타불을 비롯한 약사불과 지장보살 등에서 흔히 볼 수 있다. 불상이 앉아있는 대좌는 연꽃이 위를 향한 앙련(仰蓮)의 연화좌와 삼단을 이룬 팔각대좌가 한 쌍을 이루고, 팔각대좌 중단에 하늘을 날고 있는 용과 천인이 화려하게 투각되어 있다. 쌍계사 목조여래좌상은 왼손을 가슴까지 올린 자세를 하여 단독 불상보다 삼존불의 협시불인 약사불(藥師佛)로 제작되었을 가능성이 매우 높다. 제작 시기는 17세기 불상의 자연스러움보다 18세기 불상의 도식화되고 각진 조각수법을 보여 18세기경 제작된 것으로 추정된다.